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服药物囊虫可涌现肿胀、变性及坏逝世，招致囊虫四周脑组织的炎症反映及过敏反映，有的患者还可涌现水平不等的脑水肿，脑脊液压力与细胞数增高，重大者甚至发生颅内压增高危象。
丙硫咪唑，亦系广谱抗蠕虫药物。罕用剂量为每日，连服10天。脑囊虫罕见的毒副反映有皮肤搔痒、荨麻疹、头昏癫痫发生和颅内压增高。甲苯咪唑：罕用的剂量为100mg延续三天，罕见的毒副反映有腹痛、腹泻、皮肤搔痒和头痛等。
为了减免抗囊虫医治历程中在体内少量逝世亡所引起的过敏反映，个别均从小剂量开端，逐步加量，如吡喹酮先从100mg，3次÷d起用，如无不良反映，每次递增100mg，直至到达医治剂量时再延续用6天后停用。在涌现颅内压增高的症状后应及时用甘露醇等脱水药物医治，还应酌情并用类固醇激素等。如发生重大颅内增高，除及时停用抗囊虫药物及脱水、抗过敏解决外，还可运用颞肌下减压术，以避免颅内压增高危象。
手术医治确诊为脑室型者应手术医治。其次，对颅内压延续增高，神经体征及CT证明病灶甚局限的患者亦可斟酌手术医治。
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